Administrator権限のユーザーでインストールを行ったあと、別ユーザー（User権限のユーザーなど）でログオンすると、システムのアイコンが、デスクトップに表示されなるがどうすればいいでしょうか？

酪農ヘルパーシステムはログオンしているユーザーのみにインストールされるため、別ユーザーでログインすると、システムを使うことができません。
酪農ヘルパーシステムの運用時に使用するユーザーで、6. 酪農ヘルパーシステムのみ、再度インストールを行ってください。