期間内の実績をすべて入力したのに、各種ファイル出力画面からExcelファイルが出力されません。

Excelファイルを出力したい四半期の、最後の月の請求本締めを行う必要があります。月次処理画面で、その月まで請求仮締め・請求本締めを行ってください。
※なお、Excelファイルが出力される各四半期最後の月は、以下の通りです。
   第1四半期 : 6月
   第2四半期 : 9月
   第3四半期 : 12月
   第4四半期 : 3月