初期設定のときに入力する協会集計コードは、何を入力したらいいですか？

基本的には、利用組合コードと同じものが自動で表示されますので、そのままにしていただければ結構です。
一つの利用組合が、複数のパソコンを使用して、運用を行う場合に使用します。
マニュアル（オレンジの冊子）のp.150を参照してください。